メッセージセンターに MC306666 で案内がありました。今後、Teams のチャネル名を変更すると、きちんと SharePoint Online の「ドキュメント」にも反映されるようになります。
チャネル名を変更するとフォルダ名とがズレる
Teams のチームでアップロードしたファイルは、対になった SharePoint Online サイトの「ドキュメント」に保存されます。このとき、保存先はあらかじめ作成されているチャネルと同名のフォルダ配下になる仕様です。
しかし、現状では Teams で後からチャネル名を変更した場合、この変更が SharePoint Online サイトのライブラリに反映されず、チャネル名とフォルダ名にズレが発生します。さらに、SharePoint Online 上でフォルダ名を編集することもできないため（このフォルダーを更新するには、Microsoft Teamsのチャネルにアクセスしてください、というエラーになります）、ズレを修正することもできません。
各チャネルの「ファイル」から「SharePoint で開く」をクリックした場合には、それぞれのフォルダが直接開くため、目立った問題はないのですが、ちょっと気持ちが悪いですね。
アップデート後は変更が連動されるようになる
MC306666 によると、アップデート適用後は、チャネル名の変更が SharePoint Online 側のフォルダにも反映されるようになるとのこと。朗報ですね。実際の展開はテナント単位で、2022年2月下旬～4月下旬の期間で順次行われるようです。
ただし、連携はあくまでアップデート後に変更されたチャネルが対象になります。つまり、過去に名称変更されているチャネル/フォルダについてはそのままなので、留意が必要です。
こうした情報連携（の漏れ）は、複数サービスが連携して成立する Teams（Microsoft 365）特有の弱点ではあります。まあ、仕方ない部分であるとは思いますが、できるだけ早期に「潰して」いってほしいものです。
